東吳孫權稱帝，以建鄴為都，這是歷史上在南京建都之始，此後東晉、宋、齊、梁、陳、南唐、明七個王朝先後在這裏建都，近代的太平天國也曾在此定都十餘年。現存南京的磚城始建于明初，其特徵為：

(1)雄偉壯觀的明代城垣周長約33.68公里，現存23.74公里，平面南北較長、東西略短，呈不規則形狀，是打破了傳統的規劃思想、順應自然、因地制宜的產物。南京城處在寧鎮山脈、長江天塹和內秦淮河、玄武湖之間，其外郭以黃土夯築，今僅麒麟門、仙鶴門尚遺殘基。磚城依山傍湖，並沿用南唐故城(從東水關經聚寶門、三山門、石城門到清涼山一帶)。軍營亦在城內。建城用磚很大(45釐米×20釐米×10釐米)，重達10～12公斤，由湘、鄂、贛、皖、蘇五省的一百三十多個府、州、縣燒造。城牆高12米左右，寬4～10米不等，辟城門十三個，其中以聚寶門(今中華門)最為雄偉，計甕城三進，結構複雜，十分壯觀。

(2)皇城建在城內東部，打破了皇城居中的傳統格局。由於在城市中央建皇城拆遷量很大，且阻礙東西向交通，再則為避開南唐宮殿舊址，毅然移皇城於城東，填燕雀湖造地築屋，不僅避開了繁華市井，還形成背倚鐘山(即紫金山)之勢。城的南部是生活、居住區，西北部是軍事區。交通分街道和水道兩大系統，城中的主幹道寬30米以上，路面除三山門至通濟門十裏長街為石鋪外，餘均用磚鋪。此外，還有小街和巷道，一起形成路網。生活、居住區的佈局分手工業、商業、官吏、富戶等不同區域。手工業又按行業分類而居，如染坊多在柳葉街、船板巷，機織業聚集在城西南隅。商店、鋪行多沿大街兩側設置，匠戶多在居住區內設店擺攤。聚寶門、三山門、石城門、鎮淮橋西秦淮河兩岸、大中橋、北門橋、三牌樓等處是貿易集中地。官吏、富戶集中居住在秦淮河西段。從鎮淮橋到下浮橋兩岸以及北新街一帶多為皇子、皇女、公侯、將帥的府第。水系的分佈，城外有護城河、上新河、龍灣、玄武湖，城裏有皇城、宮城的護城河及進香河、小運河等。東西兩座水關控制著城內外水系的溝通，白天通航，夜間鎖閉，常年有軍士把守。內秦淮河除運輸外，還是一條供遊覽的水道。

(3)建築技術的創新。由於版築夯土城牆易受雨水沖刷，故唐以後漸有用磚包砌土牆的城垣。明代磚產量增加，使磚砌城牆得到普及，所以南京城成為當時世界上最大的磚城並不是偶然的。城門結構，自元以後從木過梁向磚券拱門過渡，並逐步推廣，到明代所建之城都為磚券拱門。這一做法還推廣應用到建造全磚券的無梁殿。此外，據考證，北京明、清時期的宮寢制度，也是在南京的宮殿建築制度的基礎上奠定的。三朝五門之制，古雖有之，但不明確，至明初則具體為奉天殿、華蓋殿、謹身殿和洪武門、承天門、端門、午門、奉天門。明成祖營建北京宮城時，悉遵洪武舊制。

(4)從古都學的角度來看，對我國歷史、文化、政治、經濟發生重大影響的都城，除南京外還有西安、洛陽、開封、杭州和北京等，它們分別成為三種文化類型的代表，即以西安為代表的黃河流域文化類型，以北京為代表的渤海文化類型和以南京為代表的長江流域文化類型。早在三國東吳時期，就已初步奠定了以南京為代表的長江流域文化的基礎，它與黃河流域文化融合的長安型文化不同，而是開拓性的漢族文化。南宋定都臨安(今杭州)，使黃河流域文化再次與長江流域文化融合。到明、清兩代，以南京為中心的長江流域文化更加繁榮。從建築文化方面考察，在六朝時期南北和東西文化交流中，南京的建築制度和規模既保留了中原建築文化的主要形制，又在陵寢制度上顯示出南方文化傳統，並影響到以後八百年之久。南京融南北建築文化於一爐，顯示了其相容性的一面。明、清時期的南京建築，融蘇派“香山幫”和徽派技法於一爐，這也是其相容性的表現。